TAP Air Portugal bietet regelmäßige Flüge zwischen São Tomé und Libreville (Gabun) mit Anschlussverbindung nach Europa an. Außerdem gibt es Linienflüge von Portugal (Lissabon) und Angola. Die günstigsten Verbindungen von Deutschland, Österreich und der Schweiz sind über Lissabon.

Erwachsene: 20 US$; Kinder (2-11 Jahre): 10 US$. Die Gebühr muss beim Abflug in bar bezahlt werden.

São Tomé (TMS) liegt 5,5 km nordwestlich der Stadt. Shuttlebusse, Minibusse und Taxis fahren in die Stadt.

Der Haupthafen ist São Tomé. Nur wenige internationale Kreuzfahrtlinien und andere Passagierschiffe laufen ihn an.