[1] Eine Impfbescheinigung gegen Gelbfieber wird von allen Reisenden verlangt, die älter als ein Jahr sind. Ausgenommen sind Transitpassagiere, die in Sao Tomé und Príncipe den Flughafen nicht verlassen. Da es auf den Inseln Infektionsgebiete gibt, ist eine Gelbfieber-Impfung unabhängig von den Einreisebestimmungen unbedingt ratsam.
[2] Eine Impfbescheinigung gegen Cholera ist keine Einreisebedingung, das Risiko einer Infektion besteht jedoch. Hauptinfektionsgebiete sind die Hauptstadt Sao Tomé und der Distrikt Lemba. Da die Wirksamkeit der Schutzimpfung umstritten ist, empfiehlt es sich, rechtzeitig vor Antritt der Reise ärztlichen Rat einzuholen. Um sich zu schützen sollte man eine sorgfältige Trinkwasser- und Lebensmittelhygiene anwenden. Eine Impfung ist nur in seltenen Fällen zu empfehlen.
[3] Malariaschutz ist ganzjährig in allen Landesteilen erforderlich. Ein erhöhtes Risiko besteht in der Regenzeit von Oktober bis April. Die vorherrschende gefährlichere Form Plasmodium falciparum soll gegen Chloroquin resistent sein.
[4] Wegen der Gefahr möglicher Infektionen ist auf eine sorgfältige Trinkwasser- und Nahrungsmittelhygiene zu achten. Wasser sollte generell vor der Benutzung zum Trinken, Zähneputzen und zur Eiswürfelbereitung entweder abgekocht oder anderweitig sterilisiert werden oder abgepackt gekauft werden. Beim Kauf von abgepacktem Wasser sollte darauf geachtet werden, dass die Original-Verpackung nicht angebrochen ist. Milch ist nicht pasteurisiert und sollte ebenfalls abgekocht werden. Trocken- und Dosenmilch nur mit keimfreiem Wasser benutzen. Milchprodukte aus ungekochter Milch vermeiden. Fleisch- und Fischgerichte nur gut durchgekocht und heiß serviert essen. Der Genuss von Schweinefleisch, rohen Salaten und Mayonnaise sollte vermieden werden. Gemüse sollte gekocht und Obst geschält werden.

Bilharziose-Erreger kommen landesweit in manchen Teichen und Flüssen vor, das Schwimmen und Waten in Binnengewässern sollte daher vermieden werden. Gut gepflegte Schwimmbecken mit gechlortem Wasser sind unbedenklich.

Das durch Stechmücken übertragene Dengue-Fieber kommt landesweit vor. Es empfiehlt sich ein wirksamer Insektenschutz.

Hepatitis A und Hepatitis B kommen landesweit vor. Eine Hepatitis A-Schutzimpfung wird generell empfohlen. Die Impfung gegen Hepatitis B sollte bei längerem Aufenthalt und engem Kontakt zur einheimischen Bevölkerung sowie allgemein bei Kindern und Jugendlichen erfolgen.

HIV/Aids ist im Lande ein großes Problem und eine große Gefahr für alle, die Infektionsrisiken eingehen: Sexualkontakte, unsaubere Spritzen oder Kanülen und Bluttransfusionen können ein erhebliches Risiko bergen.

Die medizinische Versorgung ist mit Europa nicht zu vergleichen und ist vielfach technisch, apparativ oder hygienisch hoch problematisch. Häufig fehlen auch europäisch ausgebildete, Englisch oder Französisch sprechende Ärzte. Es stehen 16 Krankenhäuser und ca. 40 Ärzte zur Verfügung.

Der Abschluss einer Reisekrankenversicherung und einer Reiserückholversicherung wird empfohlen.