Mit Ausnahme von Hokkaido und dem subtropischen Okinawa herrscht gemäßigtes Klima. Winter sind kühl und sonnig; sehr kalt kann es auf Hokkaido werden, wo bis zu vier Monaten Schnee liegen kann. Der Sommer (Juni - September) ist je nach Region warm bis sehr heiß. Mild im Frühling und Herbst. Regenfälle ganzjährig, die meisten Niederschläge fallen von Juni bis Anfang Juli. Hokkaido ist trockener als Tokyo. Taifune drohen im September oder Oktober, dauern aber selten länger als einen Tag.