Die internationale Fluggesellschaft heißt Merpati Nusantara Airlines (MZ) (Internet: www.merpati.co.id). Lufthansa (LH), Austrian (OS), Swiss (LX), Cathay Pacific (CX) (Internet: www.cathaypacific.com), Malaysia Airlines (MH), Singapore Airlines (SQ) (Internet: www.singaporeair.com) und Thai Airways International (TG) fliegen mehrmals wöchentlich von Frankfurt/M. nach Indonesien, je nach Fluglinie mit Zwischenlandungen in Bangkok, Hongkong, Kuala Lumpur und Singapur. Royal Brunei Airlines (BI) und Korean Air (KE) fliegen von Frankfurt nach Bali.

Flughäfen, über die die Ein- und Ausreise nach/von Indonesien möglich ist:
Bali - Ngurah Rai;
Balikpapan - Sepinggan;
Jakarta - Halim Perdana Kusuma;
Jakarta - Soekarno-Hatta; Kupang - El Tarl;
Mataram - Selaparang;
Makassar - Hasanuddin;
Medan - Polonia;
Menado - Sam Ratulangi;
Padang - Tabing;
Pekan Baru - Sultan Syarif Kasim II;
Surabaya - Juanda;
Surakarta - Adisumarmo;
Yogyakarta - Adisucipto.

100.000 Rp für die Flughäfen Jakarta und Denpasar, bis zu 75.000 Rp für andere Flughäfen.
Ausgenommen sind Kinder unter zwei Jahren und Transitpassagiere.

Jakarta (CGK) (Soekarno Hatta International) liegt 20 km nordwestlich der Stadt (45 Min. Fahrzeit). Taxistand, Post (08.00-14.00 in Zone B, 08.00-19.00 in Zone D), Banken, Duty-free-Shops, Restaurants, Mietwagenschalter, Tourist-Information, Geschäfte und eine medizinische bzw. Impfungseinrichtung, die 24 Stunden geöffnet ist. Taxis können an den Schaltern in den Ankunftsbereichen und in den Haupthallen der Terminals gebucht werden (Fahrzeit: etwa 45 Minuten); Mautgebühren können auf das Fahrgeld aufgeschlagen werden. DAMRI-Shuttlebusse verkehren stündlich zwischen dem Flughafen und verschiedenen Zielen im Stadtzentrum wie dem Bahnhof Gambir, Rawamangun, Blok M Plaza, Bekasi, Depok und Bogor. Auch zum Kilideres-Bahnhof fahren alle 30 Minuten Busse (Fahrzeit: 30 Min.).
Halim Perdana Kusuma (HLP), 13 km südöstlich von Jakarta (Fahrzeit 45 Min.). Taxis fahren ins Stadtzentrum (Fahrtzeit 45 Min.)
Denpasar (DPS) (Ngurah Rai) liegt 13 km südwestlich der Stadt Denpasar und ist der Hauptflughafen Balis (Fahrzeit 15 Min.). Duty-free-Shop, Post, Restaurants, Geschäfte, Tourist-Information und Mietwagenschalter. Busse fahren zwischen 04.00 und 22.00 Uhr alle 5 Minuten zur Stadt (Fahrtzeit 30 Min.). Rückfahrt vom Busbahnhof Jegal in der Jalan Imam Bonjal. Taxis fahren nach Denpasar, Kuta, Legian, Nusadua und Sanur.

Schnellfähren verkehren regelmäßig zwischen Belawan (Sumatra) und Penang in West-Malaysia. Es gibt auch Fährverbindungen zwischen Mandalo (Sulawesi) und den Philippinen.

Seehäfen, über die die Ein- und Ausreise nach/von Indonesien möglich ist:
Batam - Sekupang/ Batu Ampar/ Nongsa/ Marina Teluk Senimba;
Bali - Padang Bai/ Benoa;
Belawan - Belawan;
Bitung - Bitung;
Dumai - Yos Sudarso;
Jakarta - Tanjung Priok;
Kupang - Tenau;
Makassar - Soekarno Hatta;
Padang - Teluk Bayur;
Papua - Jayapura;
Pare-pare - Pare-pare;
Semarang - Tanjung Mas;
Sibolga - Sibolga;
Tanjung Balai Karimun - Tanjung Balai Karimun;
Tanjung Uban - Bandar Bintan Telani/ Lagoi/ Bandar Sri Udana Lobam.

Passagierlinien
Indonesische Häfen werden u.a. von den folgenden Kreuzschifffahrtsgesellschaften angelaufen: Hapag-Lloyd Kreuzfahrten (Internet: www.hlkf.de), Peter Deilmann (Internet: www.deilmann-cruises.com), Seabourn Cruise Line (Internet: www.seabourn.com) und Silversea Cruises (Internet: www.silversea.com).

Züge der National Railroad of Indonesia verkehren täglich zwischen Belawan (Sumatra) und Penang (West-Malaysia).

Indonesiens einzige internationale Landesgrenzen befinden sich zwischen Kalimantan und den malaysischen Bundesstaaten Sarawak und Sabah auf der Insel Borneo und zwischen West Papua (Irian Jaya) und Papua-Neuguinea. Es gibt keine Straßenverbindungen nach Sabah; die wenigen, schlecht in Stand gehaltenen Straßen nach Sarawak sind nicht für die Einreise nach Indonesien anerkannt.